DNA extraction from samples fixed on slides for molecular detection of Mycobacterium Leprae Lima, 2023

Abstract

Leprosy is an infectious disease caused by Mycobacterium leprae. In Peru, the standard laboratory diagnosis is bacilloscopy from smear-fixed samples. In recent years, other countries have started using PCR testing as an alternative for diagnosis due to its high sensitivity. Objective: To extract DNA from smear-fixed samples for molecular detection of Mycobacterium leprae. Methodology: The study included 50 samples from skin incision scrapings fixed on glass slides (30 samples with positive bacilloscopy and 20 samples with negative bacilloscopy). DNA was extracted using a silica column and the 16S rRNA sequence was amplified by real-time PCR (qPCR). Results: The quality of the extracted DNA ranged from low to good, which did not affect amplification through qPCR. DNA concentrations ranged from 0.5 ng/mL to 67.2 ng/mL. qPCR results showed 100% categorical agreement for the 30 positive samples and 40% disagreement for the 20 negative samples. Conclusion: Good results were obtained from DNA extraction of Mycobacterium leprae from smear-fixed skin incision scraping samples.

Antecedentes: La lepra es una enfermedad infecciosa causada por Mycobacterium leprae. En Perú, el diagnóstico de laboratorio estándar es la baciloscopia a partir de muestras fijadas en láminas. En los últimos años, en otros países se viene utilizando la prueba de PCR como alternativa para el diagnóstico debido a alta sensibilidad. Objetivo: Extraer ADN a partir de muestras fijadas en láminas para la detección molecular de Mycobacterium leprae. Metodología: Se incluyeron en el estudio 50 muestras por raspado de incisión cutánea fijadas en lámina portaobjeto (30 muestras con baciloscopia positiva y 20 muestras con baciloscopia negativa). Se extrajo ADN por columna de sílica y se amplificó la secuencia 16S rRNA mediante PCR en tiempo real (qPCR). Resultados: La calidad del ADN extraído fue entre baja y buena calidad, los cuales no afectaron la amplificación mediante qPCR. Las concentraciones de ADN presentaron desde 0.5 ng/mL hasta 67.2 ng/mL. Los resultados de la qPCR presentaron un 100% de concordancia categórica para las 30 muestras positivas, 40% de disconcordancia para las 20 muestras negativas. Conclusión: Se obtuvo buenos resultados a partir de la extracción de ADN de Mycobacterium leprae a partir de muestras por raspado de incisión cutánea fijadas en láminas.